1.小鼠细胞也需要进行细胞鉴定吗?
答:作为基础研究中的第二大常用细胞株模型,小鼠细胞目前也面临着错误识别、交叉污染的问题。因此,与人源细胞株一样,越来越多的SIC期刊以及资金机构都要求提供小鼠细胞鉴定报告。
2.通过什么方法可以对小鼠细胞进行身份鉴定?
答:与人源细胞株一样,STR分型是小鼠细胞鉴定的标准方法。小鼠特异性的STR位点集合,能够解决由于小鼠品系多为近交而导致的细胞很难区分的问题。小鼠细胞STR分型通过了美国国家标准与技术研究院(National Institute of Standards and Technology,NIST)对其进行的方法验证(对50株常用小鼠细胞进行测试)。
3.小鼠STR分型的位点都有哪些?
答:根据NIST 公布的信息,小鼠STR分型位点有1-1, 1-2, 2-1, 3-2, 4-2, 5-5, 6-4, 6-7, 7-1, 8-1, 11-2, 12-1, 13-1, 15-3, 17-2, 18-3, 19-2,和 X-1。而像苏州鉴达 (Genetic Testing Biotechnology, GTB)的小鼠试剂盒,除了以上这18个基因座,还增加了一个人源基因座TH01,以检测是否存在人源细胞污染。
4.小鼠细胞相关的数据库有哪些?
答:相关的数据库有ATCC、DSMZ、Cellosaurus、JCRB等,这些数据库都可以对小鼠细胞株进行信息检索。不过,能够进行数据比对的数据库,目前只有Cellosaurus(CLASTR工具)一家,像ATCC与DSMZ只能比对人源细胞STR数据。根据2023年3月的最新更新,Cellosaurus已经收录26311株小鼠细胞信息,其中92株小鼠细胞有STR标准数据。
5.何时对小鼠细胞进行细胞鉴定为宜?
答:(1)需要发表相关文章或申请课题经费时;(2)应用细胞株进行实验研究时;(3)准备冻存保种、新建细胞库时;(4)当实验室获得新细胞或细胞传代10代以上时;(5)细胞表现不稳定或结果与预期差别较大时。
6.采用STR分型技术鉴定小鼠细胞时,如何判定细胞株存在交叉污染?
答:小鼠为二倍体,因此正常小鼠细胞的STR位点峰图,或为单峰(纯合子)或双峰(杂合子)。如果分型图谱中,多个位点同时出现多等位基因(一般为3峰或4峰)时,则考虑细胞株存在交叉污染。
7. 准备小鼠细胞的样本时,有哪些要求?
答:培养中的细胞或者冻存细胞都可以直接用于STR鉴定;不管何种状态的细胞,一定要保证细胞数量至少为1x10的五次方。另外,其他样本类型(如组织、DNA)也可以进行STR鉴定,提供DNA时应标注好其浓度。
8.小鼠细胞STR鉴定的判定标准是什么?
答:当小鼠细胞的实验数据与数据库中某一细胞的数据匹配度≥80%,即可认为同源。
9.目前,国内小鼠细胞STR鉴定的权威机构有哪些?
答:苏州鉴达 (Genetic Testing Biotechnology, GTB)是国内最早开展细胞鉴定业务的第三方机构,是IJC(The International Journal of Cancer)期刊力推的国内细胞株鉴定权威单位。他们的鉴定周期短,1-2个工作日即可出具报告;可以提供中英文报告。
10.可以对原代的小鼠细胞进行细胞鉴定嘛?
答:如果实验中有用到原代的小鼠细胞,建议也做下STR鉴定。第一,文章投稿时,有些期刊的要求相对严格,不管原代细胞还是永生化的细胞株都会被要求提供细胞STR鉴定报告。第二,对原代细胞进行身份鉴定,虽不能直接确定细胞身份(数据库中未收录原代细胞数据),但可以排除是否存在污染、排除是否为数据库中其他已知细胞。
参考文献:
1. www.jsdna.org/cell
2. http://www.jsdna.org/mobile/information/xuz
3. Jamie L. Almeida al., Interlaboratory study to validate a STR profiling method for intraspecies identification of mouse cell lines. PLoS One . 2019 Jun 20;14(6):e0218412.
4. Jamie L. Almeida al., Authentication of Human and Mouse Cell Lines by Short Tandem Repeat (STR) DNA Genotype Analysis. In: Assay Guidance Manual [Internet]. Bethesda (MD): Eli Lilly & Company and the National Center for Advancing Translational Sciences; 2004.2023 Jan 17.
苏州鉴达(Genetic Testing Biotechnology, GTB)采用STR分型技术,针对人源细胞23个基因座、小鼠源细胞19个基因座(18个小鼠源基因座+1个人源基因座TH01)进行检测,3130XL型遗传分析仪进行毛细管电泳,与DSMZ、Cellosaurus、ATCC等数据库进行比对,出具权威英文报告,为全国近400家科研机构(高校、研究所、医院、公司)提供高质量服务,多家单位已利用鉴达细胞株鉴定服务在高水平期刊(如Clinical Cancer Research、Nature Commnications、Int J Cancer等)发表论文。如需了解更多鉴达生物(Genetic Testing Biotechnology, GTB)相关细胞株鉴定信息,可扫码关注官方公众号。将本文转发至朋友圈(至少保留三天)。添加微信或QQ客服后,将朋友圈截图发给微信或QQ客服,并备注单位及课题组(示例:XX大学XX课题组)。后期可有两次机会享七五折优惠,原价1200元/株。微信:18112556907、QQ:2791427499
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